APP推广合作
联系“鸟哥笔记小乔”
芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析(三) 叶绿因组以A结尾的体基8个
2025-05-13 03:59:07

2.6 最优密码子分析

芒果叶绿体基因组,芒果密码以△RSCU≥0.08为标准确定了24个高表达密码子,叶绿因组以A结尾的体基8个,以T结尾的使用12个,以C结尾的偏好3个,以G结尾的性分析1个。结合芒果叶绿体基因的芒果密码相对同义密码子使用度和同义密码子相对使用度(表4和表5),确定19个最优密码子,叶绿因组分别是体基GCT、TGT、使用GAA、偏好TTT、性分析GGT、芒果密码CAT、叶绿因组ATT、体基AAA、TTA、CCT、CAA、AGA、CGA、CGT、AGT、TCT、ACT、GTA、CTT。其中以A结尾的7个,以T结尾的12个,暗示芒果叶绿体基因组偏爱使用以A和T碱基结尾的密码子。

3 讨论

随着分子生物学的飞速发展,测序技术的持续更新,基因组数据的应用为密码子的偏性研究提供了支持。研究发现GC含量可反映密码子使用偏性突变的整体趋势,密码子第3位碱基GC3含量可作为密码子偏好性分析的主要依据。本研究通过对筛选出的芒果叶绿体基因组的55条密码序列进行分析发现,GC3s含量为26.29%,暗示密码子偏好使用末位碱基为A/T的密码子。结果与剑麻、杉木偏好使用末位碱基为A/T的密码子相似。ENC可判断基因表达量的高低,当其大于35时基因表达水平较低,在编码氨基酸时,对密码子的选用偏好性也弱。芒果叶绿体基因组ENC均值为48.14,表明叶绿体基因密码子偏好性不强。ENC越小,基因的密码子使用偏好性越强,越偏好使用A/T结尾的密码子,这与本实验RSCU等数据揭示的芒果叶绿体基因组第3位密码子富含A/T的结论相一致。突变和自然选择是影响密码子偏好性使用的主要因素,本研究通过中性绘图分析显示,选择是密码子偏好性的主要影响因素;通过ENC-plot绘图分析则发现,突变是密码子偏好性的主要影响因素,本研究认为芒果叶绿体基因组密码子的偏好性受突变和选择2种因素的影响应该是相对均衡的。

同义密码子的偏好使用影响基因的表达,最优密码子可以提高翻译的效率和准确率。有研究认为,双子叶植物偏好使用A/T结尾的密码子,单子叶植物偏好使用G/C结尾的密码子,但也有不同的观点,如有偏好使用A/T结尾的单子叶植物如糜子、霍山石斛等。芒果属于双子叶植物,本研究通过高表达优越密码子和高频密码子相结合的方法筛选出的19个最优密码子均以A或T结尾,表明芒果叶绿体基因组偏爱使用以A和T碱基结尾的密码子,结论与双子叶偏好使用A/T结尾的密码子类似。

本研究系统的对芒果叶绿体基因组密码子的偏好性及影响因素进行了研究,发现芒果叶绿体基因组偏好使用以A/T结尾密码子;突变和选择均衡的影响密码子的偏好性使用;研究还确定了19个芒果叶绿体基因组最优密码子。研究结果为今后芒果分子系统进化、遗传转化、叶绿体基因工程等方面的研究奠定基础,为芒果在叶绿体基因组水平上进行分类、性状改良等提供参考依据。

相关链接:芒果氨基酸霍山石斛

 


声明:本文所用图片、文字来源《热带作物学报》,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系

焦点
分享到朋友圈
收藏
收藏
评分
评论

综合评分:

我的评分

参与评论(0)

社区交流公约

暂无评论,快来抢沙发吧~
登录后参与评论
发布评论
用户社区交流公约

Xinstall 15天会员特权
Xinstall是专业的数据分析服务商,帮企业追踪渠道安装来源、裂变拉新统计、广告流量指导等,广泛应用于广告效果统计、APP地推与CPS/CPA归属统计等方面。
20羽毛
立即兑换
超级nice便签砖
超级超级超级奈斯!
1000羽毛
立即兑换
【新品】办公/外出两用静音充电小电扇
办公桌必备小电扇!
2000羽毛
立即兑换
焦点
发表文章5
确认要消耗 羽毛购买
一个模型两个漏斗做好拉新活动吗?
考虑一下
很遗憾,羽毛不足
我知道了

我们致力于提供一个高质量内容的交流平台。为落实国家互联网信息办公室“依法管网、依法办网、依法上网”的要求,为完善跟帖评论自律管理,为了保护用户创造的内容、维护开放、真实、专业的平台氛围,我们团队将依据本公约中的条款对注册用户和发布在本平台的内容进行管理。平台鼓励用户创作、发布优质内容,同时也将采取必要措施管理违法、侵权或有其他不良影响的网络信息。


一、根据《网络信息内容生态治理规定》《中华人民共和国未成年人保护法》等法律法规,对以下违法、不良信息或存在危害的行为进行处理。
1. 违反法律法规的信息,主要表现为:
    1)反对宪法所确定的基本原则;
    2)危害国家安全,泄露国家秘密,颠覆国家政权,破坏国家统一,损害国家荣誉和利益;
    3)侮辱、滥用英烈形象,歪曲、丑化、亵渎、否定英雄烈士事迹和精神,以侮辱、诽谤或者其他方式侵害英雄烈士的姓名、肖像、名誉、荣誉;
    4)宣扬恐怖主义、极端主义或者煽动实施恐怖活动、极端主义活动;
    5)煽动民族仇恨、民族歧视,破坏民族团结;
    6)破坏国家宗教政策,宣扬邪教和封建迷信;
    7)散布谣言,扰乱社会秩序,破坏社会稳定;
    8)宣扬淫秽、色情、赌博、暴力、凶杀、恐怖或者教唆犯罪;
    9)煽动非法集会、结社、游行、示威、聚众扰乱社会秩序;
    10)侮辱或者诽谤他人,侵害他人名誉、隐私和其他合法权益;
    11)通过网络以文字、图片、音视频等形式,对未成年人实施侮辱、诽谤、威胁或者恶意损害未成年人形象进行网络欺凌的;
    12)危害未成年人身心健康的;
    13)含有法律、行政法规禁止的其他内容;


2. 不友善:不尊重用户及其所贡献内容的信息或行为。主要表现为:
    1)轻蔑:贬低、轻视他人及其劳动成果;
    2)诽谤:捏造、散布虚假事实,损害他人名誉;
    3)嘲讽:以比喻、夸张、侮辱性的手法对他人或其行为进行揭露或描述,以此来激怒他人;
    4)挑衅:以不友好的方式激怒他人,意图使对方对自己的言论作出回应,蓄意制造事端;
    5)羞辱:贬低他人的能力、行为、生理或身份特征,让对方难堪;
    6)谩骂:以不文明的语言对他人进行负面评价;
    7)歧视:煽动人群歧视、地域歧视等,针对他人的民族、种族、宗教、性取向、性别、年龄、地域、生理特征等身份或者归类的攻击;
    8)威胁:许诺以不良的后果来迫使他人服从自己的意志;


3. 发布垃圾广告信息:以推广曝光为目的,发布影响用户体验、扰乱本网站秩序的内容,或进行相关行为。主要表现为:
    1)多次发布包含售卖产品、提供服务、宣传推广内容的垃圾广告。包括但不限于以下几种形式:
    2)单个帐号多次发布包含垃圾广告的内容;
    3)多个广告帐号互相配合发布、传播包含垃圾广告的内容;
    4)多次发布包含欺骗性外链的内容,如未注明的淘宝客链接、跳转网站等,诱骗用户点击链接
    5)发布大量包含推广链接、产品、品牌等内容获取搜索引擎中的不正当曝光;
    6)购买或出售帐号之间虚假地互动,发布干扰网站秩序的推广内容及相关交易。
    7)发布包含欺骗性的恶意营销内容,如通过伪造经历、冒充他人等方式进行恶意营销;
    8)使用特殊符号、图片等方式规避垃圾广告内容审核的广告内容。


4. 色情低俗信息,主要表现为:
    1)包含自己或他人性经验的细节描述或露骨的感受描述;
    2)涉及色情段子、两性笑话的低俗内容;
    3)配图、头图中包含庸俗或挑逗性图片的内容;
    4)带有性暗示、性挑逗等易使人产生性联想;
    5)展现血腥、惊悚、残忍等致人身心不适;
    6)炒作绯闻、丑闻、劣迹等;
    7)宣扬低俗、庸俗、媚俗内容。


5. 不实信息,主要表现为:
    1)可能存在事实性错误或者造谣等内容;
    2)存在事实夸大、伪造虚假经历等误导他人的内容;
    3)伪造身份、冒充他人,通过头像、用户名等个人信息暗示自己具有特定身份,或与特定机构或个人存在关联。


6. 传播封建迷信,主要表现为:
    1)找人算命、测字、占卜、解梦、化解厄运、使用迷信方式治病;
    2)求推荐算命看相大师;
    3)针对具体风水等问题进行求助或咨询;
    4)问自己或他人的八字、六爻、星盘、手相、面相、五行缺失,包括通过占卜方法问婚姻、前程、运势,东西宠物丢了能不能找回、取名改名等;


7. 文章标题党,主要表现为:
    1)以各种夸张、猎奇、不合常理的表现手法等行为来诱导用户;
    2)内容与标题之间存在严重不实或者原意扭曲;
    3)使用夸张标题,内容与标题严重不符的。


8.「饭圈」乱象行为,主要表现为:
    1)诱导未成年人应援集资、高额消费、投票打榜
    2)粉丝互撕谩骂、拉踩引战、造谣攻击、人肉搜索、侵犯隐私
    3)鼓动「饭圈」粉丝攀比炫富、奢靡享乐等行为
    4)以号召粉丝、雇用网络水军、「养号」形式刷量控评等行为
    5)通过「蹭热点」、制造话题等形式干扰舆论,影响传播秩序


9. 其他危害行为或内容,主要表现为:
    1)可能引发未成年人模仿不安全行为和违反社会公德行为、诱导未成年人不良嗜好影响未成年人身心健康的;
    2)不当评述自然灾害、重大事故等灾难的;
    3)美化、粉饰侵略战争行为的;
    4)法律、行政法规禁止,或可能对网络生态造成不良影响的其他内容。


二、违规处罚
本网站通过主动发现和接受用户举报两种方式收集违规行为信息。所有有意的降低内容质量、伤害平台氛围及欺凌未成年人或危害未成年人身心健康的行为都是不能容忍的。
当一个用户发布违规内容时,本网站将依据相关用户违规情节严重程度,对帐号进行禁言 1 天、7 天、15 天直至永久禁言或封停账号的处罚。当涉及欺凌未成年人、危害未成年人身心健康、通过作弊手段注册、使用帐号,或者滥用多个帐号发布违规内容时,本网站将加重处罚。


三、申诉
随着平台管理经验的不断丰富,本网站出于维护本网站氛围和秩序的目的,将不断完善本公约。
如果本网站用户对本网站基于本公约规定做出的处理有异议,可以通过「建议反馈」功能向本网站进行反馈。
(规则的最终解释权归属本网站所有)

我知道了
恭喜你~答对了
+5羽毛
下一次认真读哦
成功推荐给其他人
+ 10羽毛
评论成功且进入审核!审核通过后,您将获得10羽毛的奖励。分享本文章给好友阅读最高再得15羽毛~
(羽毛可至"羽毛精选"兑换礼品)
好友微信扫一扫
复制链接